На 01.01.2017 г. коллекция Регионального музея Северного Приладожья насчитывает более 15 тысяч предметов, в том числе более 8 тысяч предметов основного фонда.

Собрание музея начиналось с передачи части коллекции реорганизованного Валаамского государственного музея-заповедника. В общей сложности было передано около двух тысяч предметов: предметы современной живописи и графики, нумизматики, быта и этнографии, книжного и документального фондов и т.д.

Работа по комплектованию продолжилась, добавилось такое новое направление как сбор образцов геологии, коллекция геологии насчитывает около тысячи единиц хранения.
Фонды музея являются собранием краеведческого характера, представленным предметами по истории Северного Приладожья. Они относятся к XIX – ХХ вв. Единичными являются памятники XVI-XVIII вв.

В настоящее время активно ведется сбор предметов по истории региона во второй половине ХХ в.

Музейные предметы размещены в фондохранилищах по принципу комплексного хранения. Ежегодно до тысячи предметов публикуется на музейных выставках.