Элиас Лённрот родился 9 апреля 1802 года в г. Саматти (Финляндия), в большой семье сельского портного Фредрика Юхана Лённрота и его жены Ульрики, он был четвертым ребенком. Элиас учился в 1815—1816 гг. в школе в Таммисаари, а в 1816—1818 гг. в Туркуской кафедральной школе, 20 марта 1820 г. поступил в лицей г. Порвоо. Лённрот обладал прекрасной памятью и усидчивостью, самостоятельно освоил латынь.

В 1822 г. Элиас Лённрот был зачислен университет г. Або, где успешно закончил философский факультет. Став кандидатом философии, Лённрот поступил на медицинский факультет, решив освоить профессию врача. Врачом он работал большую часть своей жизни, а в отпусках (разных по продолжительности) Лённрот совершал свои научные поездки, объездив всю Финляндию и Карелию, собирая и записывая финские и карельские народные песни-руны. С осени 1832 г. по весну 1833 г. Э. Лённрот боролся со страшными эпидемиями тифа и дизентерии на севере Финляндии, в феврале 1833 г. и сам опасно заболел тифом. Болезнь протекала в тяжелой форме, пошли даже слухи о его смерти. Первая редакция «Калевалы» вышла в свет в 1835 году под названием «Калевала, или Старые руны Карелии о древних временах финского народа». Она состояла из 32 рун, вышла тиражом 500 экземпляров и была скромно подписана инициалами E.L. Дата, поставленная Лённротом под предисловием, – 28 февраля – стала Днем Калевалы, или Днем финской культуры.

В 1836 г. Э. Лённрот совершил путешествие до границ Лапландии, собрал, кроме магических рун, около 5 тыс. пословиц, более 1 тыс. загадок и ряд легенд и в 1840 г. издал «Kanteletar» — сборник древних народных лирических стихотворений с музыкальным приложением. Кроме того, он продолжал заниматься врачебной практикой, издательской деятельностью (журнал «Мехиляйнен»), работал над созданием словарей (Финско-шведского, Русско-финско-шведского). В эти годы он также публикует сборник «Пословицы финского народа» (1842 г.), три книги сборника «Кантеле» (1841г.), участвует в написании «Истории Финляндии» (1839 г.) и «Истории России» (1840 г.).

В последующие 9 лет он побывал в шести экспедициях: на Северной Двине, в Архангельске, Петербургской губернии, финляндской и российской Карелии, Эстонии. Он собрал обширный материал и последующие пять лет работал над созданием нового, расширенного текста эпоса. Он стремился соединить все собранные и записанные им народные песни в единый цикл, соединяя строфы, записанные от разных рунопевцев, и добавляя многочисленные строфы собственного сочинения. Второе издание, так называемая «Новая Калевала», вышло в 1849 г., и состояло уже из 50 рун и 22795 поэтических строф.

В 1849 году, в возрасте 47 лет, Э. Лённрот женился. Его избранницей стала 26-летняя Мария Пипониус, дочь красильщика. Обручальным кольцом стало кольцо с бриллиантом, пожалованное Лённроту императором за заслуги во время борьбы с эпидемиями. После свадьбы было решено обосноваться в городке Каяни.

В 1853 г. Э. Лённрот, защитив докторскую диссертацию, стал профессором Гельсинкфорсского университета и переехал с семьей в столицу. Первые годы он читал лекции на шведском языке. И только в 1856 году была прочитана первая лекция на финском языке, что было настоящим событием в университетской жизни.

В семье Лённрота родились четыре дочери: Мария, Ида, Эллина и Текла. Кроме своих детей, Лённрот воспитывал оставшихся сиротами детей своих друзей. Под его опекой находились также дети из необеспеченных семей, он брал на себя расходы на их жилье и обучение, а в Хельсинки содержал приют для учащихся из Каяни. В своем завещании он выделил деньги на открытие в Самматти школы домоводства, которая, позднее расширившись, действует до сих пор. В 1868 году скончалась от туберкулеза жена Мария. Э. Лённрот остался один с четырьмя дочерьми, трое из них умерли от туберкулеза и дифтерии в возрасте около 20 лет. Остаток своей жизни Лённрот прожил в уединенной усадьбе со своей дочерью Идой.

В 1876 г. Э. Лённрот был избран почетным академиком Российской Академии наук. Элиас Лённрот стремился к просвещению простого народа: он издал необычайно популярную в свое время книгу «Домашний доктор финского крестьянина» (1839). По просьбе медицинских чиновников он составил «Пособие по воспитанию и кормлению маленьких детей», а также «Пособие по использованию в пищу ягеля в голодные годы».

Умер Элиас Лённрот в 1884 г. в возрасте восьмидесяти двух лет и был похоронен на кладбище в Саматти. Похороны превратились в общенациональный траур.